A função essencial da Secretaria de Economia e Planejamento (SEP) é organizar e administrar o sistema de planejamento setorial-regional do Estado, promovendo a articulação dos diversos órgãos do Governo na formulação de políticas públicas de desenvolvimento econômico e social.

Para cumprir esta função, a SEP é responsável, conforme determina a Constituição do Estado, pela coordenação e elaboração da Lei de Diretrizes Orçamentárias (LDO), do Plano Plurianual (PPA) e pela elaboração e acompanhamento do Orçamento do Estado.

A SEP ainda articula e coordena as atividades relacionadas à implementação e divulgação do Programa Estadual de Parcerias Público-Privadas (PPPs), com o objetivo de promover investimentos em áreas fundamentais e melhorar a qualidade dos serviços públicos prestados.

Dada a importância do processo de desestatização na política de planejamento do Estado, a SEP responde também pela secretaria executiva do Programa Estadual de Desestatização (PED).

A Secretaria foi reorganizada pelo Decreto nº 49568 de 26 de Abril de 2005.
Passou a ter novo Organograma.